鲤鱼全基因组序列精细图谱绘制完成

本报记者 马爱平

日前，鲤鱼全基因组序列精细图谱已绘制完成，该基因组覆盖约为16.9亿碱基，包含52610个功能基因，功能基因数目是大多数硬骨鱼类基因数目的两倍。

这是在国家863计划支持下，由中国水产科学研究院“鲤鱼等功能基因组资源开发及其数据库与网站构建”课题组与国内外合作团队共同完成的成果，这也是国际上首个完成全面解析的异源四倍体硬骨鱼类基因组图谱。

和近缘二倍体模式鱼类斑马鱼的基因组比较，鲤鱼起源于进化历史上的两种二倍体祖先种杂交事件，保留了两套祖先种的染色体和基因组，分子钟证据表明这次基因组倍增发生在约820万年前，是非常近的一次全基因组倍增事件。

该课题组采集了全球10个代表性鲤鱼品系和野生种群的样本，对33尾鲤鱼开展了全基因组重测序研究，共挖掘获取了18949596个单核苷酸多态性位点和1694102个插入/缺失突变位点，首次绘制了全球鲤鱼单碱基分辨率的全基因组遗传变异图谱。

课题组还利用全基因组多态性扫描和比较转录组分析手段，对表型性状差异显著的松浦镜鲤和荷包红鲤进行了比较分析，定位了与鲤鱼鳞被缺失、红色体色等性状相关的遗传座位、功能基因和调控通路。

基于鲤鱼全球代表性品系的遗传变异信息，课题组构建了含有25万个高质量位点的鲤鱼高通量单核苷酸多态性基因分型芯片，在鲤鱼多个品系中多态性比例达到74.06%，在常见鲤科近缘鱼类物种中也有较高的多态性比例，这在鲤科鱼类性状遗传解析和基因组选育中有广泛可用性。

日前，课题组已开展了鲤鱼性别、体色、鳞被、体型、生长、低氧适应、抗疱疹病毒等全基因组关联分析研究，并初步定位了一批性状相关的重要功能基因和遗传座位。

（本栏目与863计划现代农业技术领域办合办）