藤茶转录组SSR分子标记开发与初步验证

利用 MISA软件对藤茶转录组测序获得的 92 472条 Unigene进行 SSR位点信息分析，共检测到单核苷酸至六核苷酸重复类型的 SSR位点 34 420个，分布在 27 096条 Unigene中，出现频率为 37.22%，平均分布距离为 31.69 kb。SSR重复类型主要以单核苷酸重复为主，占 66.11%，其次是二、三核苷酸，各占 19.95%和 12.52%。34 420个 SSR位点中共发现 77种重复基序，重复次数在 5~24次之间，其中出现频率高的基序有 A/T、AG/CT、AT/AT、AC/GT、AAG/CTT和 AAT/ATT。利用 Primer 3.0共设计得到 34 440对 SSR引物，从中随机选取 40对引物进行 PCR扩增检测，有 30对引物扩增出预期大小的条带，其中 9对引物在 8份藤茶种质材料中表现出多态性。以上结果表明，基于藤茶转录组序列的 SSR标记开发是有效可行的，开发的 SSR标记为后续藤茶种质资源鉴定及遗传多样性分析等研究提供了科学依据。