基于转录组序列的乌桕SSR分子标记开发

为了开发乌桕(Triadica sebifera (L.) Small)的简单重复序列(SSR)分子标记，利用 Illumina HiSeq2500测序平台对乌桕嫩叶进行转录组测序，基于测序获得的 59 441条 Unigenes数据，利用 MISA软件进行SSR位点鉴别，通过普通 PCR和毛细管电泳筛选稳定可靠的多态性 SSR标记。结果表明：从乌桕 59 441条Unigenes中鉴定出 7 344个包含 1~6个核苷酸重复类型的 SSR位点，出现频率为 12.36%；单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸为优势重复类型，其数量和占比分别为 2 946 (40.11%)、2 314 (31.53%)和 1 958 (21.87%)。从120对随机选择的 SSR引物中筛选出了 10对扩增效率高、稳定性好的多态性 SSR引物。本研究为乌桕现存资源的遗传多样性研究、遗传图谱构建提供了有价值的候选标记。