苦荞种皮转录组 SSR 位点信息分析及其分子标记的开发

为开发苦荞新的 SSR 标记，本研究利用 MISA 软件对苦荞种皮转录组测序数据进行 SSR 位点信息搜索，利用 Primer 3 设计引物并随机选择 53 对引物进行验证。结果表明：苦荞种皮转录组数据库中共搜索到9 094 个 SSR 位点，其中，单核苷酸、三核苷酸和二核苷酸重复类型占优势，占总 SSR 的 63.99%、19.35%、15.49%；共发现 70 种重复基元，其中 A/T、AT/AT、AAG/CTT 基元是优势基元。设计合成的 53 对引物中，41对引物(77.36%)获得有效扩增，21 对引物具有多态性。本研究从转录组序列中大规模开发的 SSR 分子标记将有助于苦荞遗传多样性与分子育种研究。