基于菊芋转录组的SSR分子标记开发及鉴定

利用菊芋(Helianthus tuberosus L.)转录组测序获得的63 089条Unigene (45.71 Mb)进行SSR查找分析，共检测出6 635个SSR位点，包含于5 452条Unigene中，出现频率为10.52%，SSR位点发生频率为8.64%，其中SSR位点的主要类型为二核苷酸重复，占总SSR的45.24%，其次为三核苷酸重复。SSR位点中共包含180种重复基序，其中出现频率较高的基序主要有AG/CT、ACC/GGT、ATC/ATG、AAG/CTT。设计36对多态性SSR引物组合进行扩增和多态性评价，其中，20对引物存在多态性差异，占55.56%。利用20对引物对18个菊芋资源样品进行多样性分析，分析表明，有效等位基因(Ne)在SSR位点上变化幅度较小；Shannon指数平均值为0.622；期望杂合度(He)和观察杂合度(Ho)平均值分别为0.434和0.447。系统进化树显示，菊芋资源可从块茎表皮颜色上分为白皮和红皮2大类。此外，从地域来源上进行聚类，能将18份菊芋种质资源聚为5类。以上分析表明，菊芋转录组测序产生的Unigene信息可作为开发SSR标记的有效来源，利用获得的SSR标记可为菊芋及其近缘种的遗传图谱构建、遗传多样性分析、基因组比较研究等提供丰富可靠的标记选择。