水稻Ra基因的分子标记开发及应用

本研究通过对黑米(豫南黑籼糯)和紫叶白米(IR1552) Ra基因的测序，共找到了3个序列多态性位点。黑米的第10外显子存在2 bp缺失，紫叶白米的第2外显子(5\&\#39\;-UTR区)存在8 bp缺失，紫叶白米的第6内含子存在30 bp缺失。根据这3个多态性位点，分别设计了3对共显性分子标记RaMarker1、RaMarker2和RaMarker3。将它们分别应用于黑米和白米重组自交系的筛选和验证，发现黑米的Ra基因型表现为Ra/Ra，白米的基因型表现为ra/ra，褐米的基因型表现为Ra/Ra或ra/ra。再加上该基因和黑米色素调控基因紧密连锁，因此这3个分子标记是黑色种皮的可靠标记，可进一步用于分子标记辅助育种的实践中。通过对Ra表达情况分析，发现该基因的2 bp缺失仅存在于黑米和褐米的cDNA中。通过实时定量PCR研究，发现该基因在黑米和褐米中存在一定的时空表达差异性。