PNAS:中科院昆明动物所张亚平课题组发表家犬基因组学研究进展
2016年4月18日，国际著名学术期刊《美国国家科学院院刊》杂志在线发表了中国科学院昆明动物研究所张亚平院士研究团队对家犬基因组学的最新研究进展。王国栋博士为论文第一作者，张亚平院士为论文通讯作者。
家犬的起源和驯化一直是一个争议不断的科学问题。2015年Shannon等人经过分析大量的家犬群体全基因组DNA芯片数据提出了家犬中亚起源的假说(Shannon LM , et al. 2015. PNAS)。昆明动物所张亚平院士研究团队发现该结论与基于全基因组重测序数据分析的家犬东亚南部起源模式(Wang GD, et al. 2016. Cell Res)相冲突。为此，研究人员对Shannon等人的工作进行了重新梳理，结果发现Shannon等人把尼泊尔和蒙古都划归到中亚，与传统的地理划分相悖;其次，该工作中并没有包含中国南方这一家犬可能起源地的群体。通过整合已经发表的中国南方家犬群体的数据，分析结果显示中国南方的家犬群体拥有最小的连锁不平衡距离，支持中国南方而不是尼泊尔和蒙古是家犬的起源地。
同时研究组在国际法医学知名刊物《Forensic science International: Genetics》上发表了另一篇研究文章，宋娇娇(安徽大学联合培养硕士生)和王文智博士为共同第一作者，彭旻晟博士和张亚平院士为共同通讯作者。家犬的线粒体DNA(mtDNA)在分子法医学研究中日益受到重视。2015年三个研究组分别基于线粒体DNA基因组序列构建了家犬mtDNA的单倍型类群树(Peng MS, et al. 2015. Mol Ecol Resour; Duleba A, et al. 2015. Forensic Sci Int Genet; Fregel R, et al. 2015. Mitochondrion)。由于采用了不同的参考序列和数据集，三棵单倍型类群树在世系命名上存在冲突，很可能对后续研究产生干扰。为此，昆明动物所张亚平院士研究团队和生命条形码南方中心开展了合作。研究人员在对三棵单倍型类群树进行了详尽的比较分析，对存在的世系命名冲突进行了协调。通过整合新发表的线粒体DNA基因组数据，研究人员还将DomeTree(http://www.dometree.org/)中家犬和灰狼单倍型类群树进行了更新。
原文链接：
Questioning the evidence for a Central Asian domestication origin of dogs
原文摘要：
A recent study by Shannon et al. (1) proposes a Central Asian domestication origin of dogs, based upon the finding that Central Asia had the lowest short-range linkage disequilibrium (LD) among village dogs across the globe. A reanalysis of their data, however, suggests that these conclusions may require revision.
First, Shannon et al.’s (1) definition of “Central Asia” is questionable. Mongolia and Nepal [the two regions assigned to Central Asia by Shannon et al. (1)] are not associated with the common definition of Central Asia that includes the region bounded by the Caspian Sea, Russia, China, and Afghanistan, but are located in East Asia and South Asia, respectively. Although Mongolia is occasionally considered a part of Central Asia (e.g., by the United Nations Educational, scientific, and Cultural Organization), Nepal is not, but is considered …
作者：张亚平
