向日葵高密度基因分型阵列的SNP标记发现和开发

世界种业网独家稿件，转载请添加链接并注明版权，谢谢!

下一代DNA测序技术的最新进展为开发高通量SNP基因分型平台提供了可能性。新的平台将允许同时检查成千上万的单核苷酸多态性(SNP)。这些资源的潜力在于快速开发高密度遗传图谱、全基因组关联研究以及分子育种方法，并应用于各种不同的物种的。在此，我们描述了开发一个用于向日葵（Helianthus annuus L.）的SNP基因分型的技术。这项研究工作包括：发展向日葵的参考转录组拼接组装、根据来自多个基因型的数据发现数以千计的高质量SNP和分析大约6Gb的重复测序的转录组数据、选择10,640个SNP包括在基因分型阵列中和使用所产生的基因分型阵列来筛选的一组多样性的向日葵材料和野生种。这项研究的结果显示：多态性SNP的频率很高，而且具有相对较高的跨物种的可互换性。事实上，大于95％的成功SNP分析揭示了多态性，其中超过90％的SNP分析可以成功地应用到相关的野生物种。多态性数据的分析揭示了遗传分化的模式在很大程度上与向日葵的进化史一致，而且大量的SNP标记使进行更高分辨率的分析成为可能。