通过祖先的分子标记和系谱信息将群体联系起来进行QTL连锁分析

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遗传学报,2012年1月7号

对许多植物育种计划来讲，在进行QTL分析时，有一项共同假设，即相互联系群体的亲本是不相关的，这个假设是不切实际的。我们取消该假设，并提出了贝叶斯方法，使用将包含了祖先标记和系谱信息的基因位点的IBD矩阵将当前定位群体亲本的等位基因位点分类。此外，我们同时展示了如何将亲本的IBD数据包含在QTL连锁分析中，有两种方法：阈值IBD模型（TIBD）和潜在祖先等位基因模型（LAAM）。使用一个商业玉米育种计划的结构，通过数值模拟的方法，对TIBD和LAAM模型进行了经验性检验。模拟包括在一个QTL紧密相连连锁群的试验性数据集和五个包含无关联QTL的连锁群100重复数据集。模拟结果表明：在不显着增加的计算量的情况下，使用亲本IBD数据（对TIBD和LAAM都类似）可以显著提高QTL定位强度和精度，例如，QTL的位置、效果和单个基因型概率。

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