通过全基因组测序在优良籼稻自交系中发现全基因组DNA多态性

世界种业网独家稿件，转载请添加链接并注明版权，谢谢!

植物生物技术杂志，2012年1月6号

下一代测序技术的进步已帮助发现数百万​​的全基因组DNA多态性、单核苷酸多态性（SNP）和插入缺失（InDel）标记，这是分子育种的一项宝贵资源。六个优良籼稻自交系（3个细胞质雄性不育系和3个恢复系）的全基因组测序结果生成了338，000，000万75碱基对的配对末端序列，提供85.4％的Nipponbare的基因组。与Nipponbare相比，在整个基因组内每千个碱基对（kb）平均提供了6.8个SNPs标记，共发现了2，819，086非冗余的DNA多态性，其中包括2，495，052个SNPs，160，478插标记和163556删除标记。在整个基因组内，SNP和InDel标记在染色体上的分部并非随机，很明显存在SNP丰富和SNP贫乏的区域。 第5号染色体上一段4.3Mb的连续区域的SNP标记密度非常低。总之，83262非同义SNP标记分布在16379个基因上，3620非同义InDel标记分布在2625个基因上，这些发现对进一步理解自交系和由他们组合的杂交种的表现非常有意义。从组籼稻自交系中发现的SNP和InDel标记不仅丰富的分子育种的SNP资源，而且还能帮助研究全基因组变化对杂交种的表现。