澳大利亚科学家发明“拼写检查”基因序列新方法

科技部,2012-06-17

澳大利亚昆士兰大学的科学家发明一种快速，可靠，简便的纠错方法，可如同计算机检查文字拼写错误那样，发现基因测序过程中产生的扩增序列DNA代码错误。这项成果发表在今年5月出版的《自然》旗下子刊《自然方法学》上。

新方法编制的软件称为“刺槐（Acacia）”，特别适用于分析微生物基因的重要片段——扩增子。基因测序仪阅读DNA碱基代码的四个字母表：As，Cs，Ts和Gs，并拼写出不同生物体的基因后，“刺槐”软件分析输出结果。“刺槐”通过使用似然性的统计理论分析DNA的特定碱基序列，而这些碱基常常在基因测序中被错误地添加或删除。该方法集成了计算机科学，统计学和生物学，属生物信息学范畴。

当前，冗长的A，C，G，T代码引起的机器错误常常导致生物学家们误解基因的种类，误解诸如来自污水处理厂、海洋、甚至我们的肠道样本中可能存在的微生物种类。为此，科学家们主要使用双误差校正软件进行校正。同这些工具相比，“刺槐”不仅具有明显的优势，而且便于使用。

论文链接：Fast, accurate error-correction of amplicon pyrosequences using Acacia

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