陆地棉转录组耐盐相关SNP挖掘及分析

为了挖掘陆地棉可能与耐盐性相关的功能SNP，本实验以耐盐陆地棉品种中9409为材料，从对照和盐胁迫材料的叶片转录组数据检测SNP，并进行GO和Pathway注释。从对照(ck, c)和处理(salt-treated, s)中分别检测到SNPc(对照中的SNP)12 659个、SNPs(处理材料的SNP)16 871个，其中对照特有SNP(SNPc-only)2 102个，盐胁迫后样品特有SNP(SNPs-only)4 547个。GO注释分析发现geneSNPc，geneSNPs，geneSNPc-only在分子功能、细胞组分、生物进程富集的比例基本一致，而geneSNPs-only在每个分类中的基因比例都明显大于前三个。Pathway分析表明，geneSNPc，geneSNPs，geneSNPc-only，geneSNPs-only显著富集的通路也不完全相同。以磷酸肌醇代谢途径和茉莉酸信号途径为重点，qRT-PCR(Quantitative Real Time PCR)验证通路中的差异表达基因，并初步分析这些基因上SNP的位置、酶切效应以及是否会导致氨基酸变异。