一种简便易行的利用全基因组数据构建进化树的方法

随着测序变得越来越普遍越来越便宜，很多科研人员都开始尝试测一测自己关心的物种的基因组。对于生态学家来讲，关心的物种千奇百怪，且多是前人没有测过的，相当于没有一个模版。测出来的数据长则几百，短则几十，零碎的不行，在没有模版的情况下很难组装成一个完整的基因组，便也难起大的作用。

针对现阶段测序技术测出来的片段较短，已组装成型的基因组较少的现状，版纳植物园动植物关系组的博士研究生范欢在导师Tony Ives, YannSurget-Groba和Chuck Cannon的指导下，开发了名为Alignment and assembly-free （AAF）的软件包，用于直接分析测序仪上下来的原始数据，不经组装和比对，通过原始序列里短序列的相似度计算基因组之间的遗传距离，然后用以构建进化树。之前也有很多不经比对或者同时不经组装就构建进化树的方法，AAF最大的优势在于它并行处理大规模数据的能力。处理人类基因组大小的基因组产生的测序数据亦不在话下。同时它还拥有修复测序错误和计算bootstrap值的功能，是一款实实在在为用户考虑的软件。

该研究已以An assembly and alignment-free method of phylogeny reconstruction from next-generation sequencing data为题发表在BMC Genomics上，发表后被标为“Highly accessed”文章。该软件可于以下网址免费下载。软件包中含有使用手册和测试数据。该软件除用于全基因组测序数据外，也可用于其他类型的下一代测序数据例如RAD-seq. 针对RAD-seq的软件包尚未发表，如有需要请联系fh@xtbg.org.cn

AAF下载地址：https://sourceforge.net/projects/aaf-phylogeny

用AAF处理灵长类基因组数据后得到的进化树，未标注的节点表明100%的支持率。