FDA为“NGS检测规范公开研讨会”划定讨论主题

2015年11月12日，将举办为期两天的下一代测序(NGS)检测规范公开研讨会。为此，美国食品药物管理局(FDA)发布文件，划定讨论主题，并要求利益相关方就具体的问题提供反馈。

今年早些时候，FDA举行了一场研讨会，讨论了下列计划：制定分析标准，以确保NGS检测结果的准确性和可信性；使用变异数据库，以进行NGS检测的临床解读。

分析标准

鉴于NGS检测可分析的标记物较多，FDA认识到不能像目前审查其他检测那样审查NGS检测数据。因此，FDA考虑使用预定义标准，或创造所谓的设计理念标准，或综合使用这两种标准对NGS检测进行审查。

FDA在一份讨论文件中写道，“一项检测对标准的依从性可以取代FDA对其进行上市前的批准或者认可。”设计理念标准较灵活，而预定义标准更规范。

FDA或第三方会为开发者制定设计NGS检测时应遵从的标准，例如，确定检测的临床目的、需要的样品类型、测序仪器的局限性、可能影响扩增或测序的干扰物质、使用的参考基因组。通过对检测设计的整体考量，在设计结束时，“开发者应该能够创造出高质量的基于NGS的检测。”

另一种方案是，FDA或第三方制定出NGS检测需符合的具体标准和规范。FDA期望能制定出针对不同临床适应证的具体标准——这种检测的目的是什么，是为具有某种症状的人群进行诊断，为指导治疗选择，还是为筛选无症状人群服务的。

目前有多个组织正在致力于建立NGS检测标准。

专业数据库

NGS已广泛应用于临床，极为罕见的标记物将被鉴定出来，但研究者不能再使用传统的研究模型，研究这些标记物是否是良性的或引起疾病的。鉴于此，两年前，FDA使用约翰霍普金斯大学的CFTR2数据库(包含大多数已知的在患者中观察到的变异)，来验证Illumina公司MiSeq测序仪对囊性纤维化139个变异的分析。

FDA期望其他NGS检测在类似数据库的帮助下也能上市。在另一份讨论文件中，FDA表示，希望在研讨会上讨论变异数据库需符合的质量标准，以便将变异数据库作为NGS检测临床证据的参考。

为了建立这样的数据库，FDA表示：开发者需保证，定期评估标准操作流程，使用一致的术语表，验证软件分析工具和雇用变异方面的专家等。

FDA认可了符合这些质量标准的数据库后，开发者可以使用数据库中的信息，作为一项检测上市前审查文件的一部分，而不需再通过临床研究验证每个变异。FDA批准了一项检测后，实验室可以使用这些数据库解读标记物在疾病中的作用。例如，研究者可以使用CFTR2数据库进行功能和临床研究，判断囊性纤维化标记物的致病性。

FDA期望，变异数据库的质量标准能够保证，不同的利益相关者能够帮助维护数据库。业内已经有人批评现有的公共变异数据库维护不善、不准确。

FDA在讨论文件中写道，“随着时间的推移，数据库的解读可能比目前更加规范”。美国国家卫生研究所(NIH)在建一个公共变异数据库ClinGen，研究者正在开发提交变异数据和确定变异的临床相关性的标准方法。

本文来源于：测序中国

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