番茄团队破译番茄长链非编码RNA
南湖网讯（通讯员王昕）番茄是一种重要的园艺作物和果实成熟发育的模式作物，通过变异和进化分析，许多与农艺学相关的重要编码基因都得到了深入研究，但学界对于番茄中长链非编码RNA的起源及其功能却尚不清楚。10月26日，学术期刊NEW PHYTOLOGIST 在线发表了我校园艺林学学院叶志彪教授团队的一篇题为Expression and diversification analysis reveals transposable elements play important roles in the origin of Lycopersicon-specific lncRNAs in tomato（转座子在番茄特有lncRNAs的进化形成中发挥重要作用）的研究论文。
该研究通过生物信息学手段，对栽培番茄和其近缘野生种醋栗番茄的长链非编码RNA进行了预测和表达分析。分析表明，长链非编码RNA的表达具有明显的时空特异性，生殖器官与其他组织相比具有更多的特异表达的长链非编码RNA。通过与野生潘那利番茄进行比较发现，长链非编码RNA在不同的番茄种间变异很大，转座子导致的结构变异是造成长链非编码RNA低保守性的一个重要原因。研究团队通过对一个果实破色特异表达的长链非编码RNA进行深入分析，证明了该长链非编码RNA的起源经历了两次主要的进化事件，即LTR反转座子的插入和大片段的丢失。经过共表达分析，团队发现位于该长链非编码RNA上游的一个编码基因可能是该长链非编码RNA的靶基因，该长链非编码RNA可能通过调控靶基因的表达，进而调控番茄果实的发育成熟。
该论文第一作者为园林院博士研究生王昕，叶志彪教授和张俊红教授为通讯作者。据悉，该课题组正在深入研究长链非编码RNA及其靶基因在番茄果实成熟中的作用，研究受到国家自然科学基金和国家重点基础研究发展计划（973）的资助。
论文链接：http://onlinelibrary.wiley.com/wol1/doi/10.1111/nph.13718/abstract
审核人：张俊红
