新一代测序技术检测Lynch综合征相关突变
贝勒医学院等机构的研究人员近日开发出一种更准确的方法来检测PMS2基因中的突变。这个基因的突变与遗传性非息肉结肠直肠癌（Lynch综合征）和Turcot综合征相关。研究结果在线发表于《the Journal of Molecular Diagnostics》上。
为了提高PMS2基因突变检测的准确性，研究人员开展了多重连接依赖的探针扩增(MLPA)、靶向捕获新一代测序以及长距离PCR(LR-PCR)。他们在32个临床样本和14个对照样本(8个阳性对照和6个阴性对照)上使用了这种方法。
美国每年诊断出14万例结肠直肠癌，但只有3-5%是由Lynch综合征引起的。然而，研究人员认为，PMS2基因在Lynch综合征中的作用被低估。同时，基因组区域中的高度同源序列，以及活性基因和假基因之间频繁的序列交换阻碍了这个基因的准确分析。
之前，PMS2突变是利用Sanger测序以及编码外显子和侧翼内含子区域的分析而检测的，这不能提供拷贝数变异的信息。研究人员的新方法融合了LR-PCR和NGS，使其能够检测序列变异和拷贝数变异，并区分PMS2和假基因PMS2CL的突变。LR-PCR片段包含多个外显子和内含子，对区分高度同源区域的CNV很重要。
研究人员在文中写道：“LR-PCR/NGS和靶向捕获NGS的组合解决了等位基因丢失和同源性的问题。因此，这种方法对检测怀疑带有PMS2突变的早发性癌症是特别有利的。”
研究人员对每个样本平行运行了三种检测：MLPA、NGS和LR-PCR。MLPA是利用MRC-Holland的SALSA MLPA kit P008-C1开展的，它含有特异针对PMS2外显子1-11、外显子11-15，以及针对PMS2和PMS2CL外显子11-15中的旁系同源序列变异的探针。对于靶向捕获NGS，研究人员使用了罗氏NimbleGen的SeqCap探针库，它富集所有编码外显子，以及197个遗传性癌基因的50bp侧翼内含子区域。
在LR-PCR过程中，他们利用之前发表的引物来扩增PMS2基因和PMS2CL假基因的三个片段：E1-E5、E6-E10、E10-E15。PCR过程使用了Takara LA TaqDNA聚合酶的热启动版本，而PMS2基因的LR-PCR产物被片段化，并添加索引，在Illumina的HiSeq 2000平台上进行高通量测序。
研究人员认为，这三种方法的结果可作为交叉验证，从而提高准确性，减少周转时间。准确检测PMS2基因突变，将实现更好的结肠直肠癌预防、诊断和治疗。此外，这种方法也能应用到其他含有多拷贝的高度同源序列的基因上。
参考文献：Jianli Li, Hongzheng Dai,, Victor Wei Zhang, Lee-Jun C. Wong. A Comprehensive Strategy for Accurate Mutation Detection of the Highly Homologous PMS2. the Journal of Molecular Diagnostics, September 2015, 17(5):545–553. doi:10.1016/j.jmoldx.2015.04.001
本文来源于：生物通
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