新一代测序技术发现意义不明的变异

美国临床化学协会(AACC)的年会于本周在亚特兰大召开。巴西Hermes Pardini研究所的研究人员在会上表示，在利用新一代测序的基因检测集合来筛查患者时，他们发现了一些意义不明的变异(VUS)。

Giovana Torrezan及其同事筛查了12名妇女，她们缺乏BRCA1或BRCA2突变，但有着其他的乳腺癌相关突变。研究人员发现，其中8名妇女带有意义不明的变异。之后，她们再次研究了这些变异的意义，发现一些能够被归为良性，而另一些是可能有害的。

乳腺癌是全世界妇女的头号杀手，大约有5-10%的癌症是遗传的。尽管BRCA1和BRCA2突变占了遗传性乳腺癌病例的近半数，但是其他基因的变异也与疾病风险相关，这就给诊断带来了挑战。

除了开发BRCA1和BRCA2的基因检测，Torrezan及其同事还开发了一种名为Breast Cancer Panel 2(BCP2)的检测，针对15个基因中的变异，包括ATM、CHEK2、PTEN、RAD50和TP53。

从2014年1月开始，研究人员利用BCP2对12名缺乏BRCA1或BRCA2突变的妇女进行筛查。她们从每名患者的外周血样本中提取DNA，并在Thermo Fisher Ion PGM测序仪上进行测序，之后通过Sanger测序来验证。根据获得的报告，她们在文献中搜索那些结果可能意味着什么。

Torrezan表示，报告可能是三种结果中的一种：阳性结果，发现已知的致病变异；发现VUS；阴性结果，未发现任何已知的致病变异或VUS。不过，她指出，阴性结果也不一定是结论性的，因为妇女可能在她们未检测的基因中带有突变。

在这项研究中，研究人员无法在4名患者的样本中上找到临床突变，而在另外8名患者中，她们发现了一个或多个基因带有临床意义不明的变异。其中，4名患者是ATM基因有VUS，而3名患者是PALB2基因有VUS。Torrezan表示，许多VUS是新生错义突变或次要等位基因频率低的错义突变。

不过，Torrezan补充道，一些VUS的状态已经改变。在她准备演讲稿时，再次进行数据库的搜索，发现PALB2和CHEK2中的VUS已经被分别归类为良性和危害性。她认为，这也强调了计算机分析工具的重要性，必须保持数据库更新，并开展不同变异的功能研究，才能了解它们的意义。

本文来源于：生物通

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