我校3D基因组研究取得新进展

（图文|信息学院通讯员辛西）近日，我校3D基因组研究团队在解析染色质三维空间结构及其生物功能上取得进展，并于7月6日在《核酸研究》在线发表了题为《哺乳动物基因组中拓扑相关结构域的结构异质性和功能多样性》（Structural heterogeneity and functional diversity of topologically associating domains in mammalian genomes）的学术论文。论文的通讯作者是信息学院生物信息系彭城副教授，第一作者是王小滔博士研究生。

研究表明，染色质拓扑相关结构域是构成染色质高阶三维空间结构的基础，影响甚至调控着基因表达、DNA复制和染色体易位等基本生物过程。美国国立卫生研究（NIH）启动了4D Nucleome计划，用于解析染色质三维空间结构在细胞发育和分化中的作用。早期的研究主要集中于拓扑相关结构域在基因组位置上的稳定性和保守性，对其内部组织结构研究较少。该团队曾于2013年在《核酸研究》上提出了一种染色质三维空间结构重建模型AutoChrom3D（Nucleic Acids Research, 2013, 41(19), e198），发现染色质高阶结构存在着一定规律。基于前期工作发现，该团队充分利用公共数据库最新数据，进一步深入分析了染色质拓扑结构域的内部结构特征，并定义了一种量化参数用于度量其内部结构特征，并揭示出染色质拓扑相关结构域在不同类型细胞中能够发生显著的结构变化，从而改变结构域内部基因的调控和表达模式。该论文也提供了计算量化参数的免费软件（TADLib），为他人研究提供帮助。

论文链接：

http://nar.oxfordjournals.org/content/early/2015/07/06/nar.gkv684.full

生物信息工具链接：

https://pypi.python.org/pypi/TADLib

审核人：陈治国