中国科学院等合作完成了RiceWiki数据库开发

最近，中国科学院北京基因组研究所章张研究员课题组与北京理工大学、中国林业科学研究院及华中农业大学合作开发完成RICEWiki数据库。该数据库是基于维基百科的水稻基因信息平台，是可编辑且内容公开的公众注释系统。相关文章发表于《Nucleic Acids Research》杂志上。

水稻是人类重要的粮食作物之一，同时也是研究农作物及其他相关植物的重要模式生物。因此，水稻成为第一个全基因组测序的农作物。

随着水稻基因组学和转录组学研究的深入，先后出现了BGI-RIS，TIGR，RAP-DB和RGKbase等专业数据库。这些数据库多是依赖专业人员的编辑更新，不仅费时费力，而且成本也逐渐增加，导致其更新速度远远落后于水稻数据的指数增长。RiceWiki数据库的优势在于汇集整个水稻研究领域的科研人员的智慧和力量，共同完善水稻基因的相关信息和数据更新，以期构建一部水稻基因的百科全书。

目前，RiceWiki已经整合了两个水稻栽培亚种的基因数据(O. sativa indica 93–11 和 O. sativa japonica Nipponbare)，涵盖66000多个水稻基因的相关信息。水稻基因的原始资料主要来源于RefSeq (NCBI)，Ensembl，RAP-DB和MSU Rice Genome Annotation Project。每个水稻基因的资料由注释信息、研究该基因的相关实验室以及参考文献和结构信息构成。

为了解决著作权的问题，RiceWiki还引入了作者奖励机制(AuthorReward)，不仅可以评价基因注释信息的质量，还可以提高相关领域科研人员的参与度。RiceWiki允许注册用户随时创造，更新和修改水稻基因信息，明显的简化了资料收集，分析和整理的过程，以适应生物学数据的爆炸式增长模式。