万用的植物RNA提取法

导读：RNA提取是一个非常棘手和敏感的实验室程序。最近，美国佛罗里达大学的研究人员开发出一种RNA提取方法，比以前的方法更快捷、更有效和更可靠。

开发这种方法的植物学家Ingrid Jordon-Thaden解释说：“获得纯净、完整的RNA样品，是对一种植物的活性基因或转录组进行测序所必不可少的。”

在最近一期的《Applications in Plant Sciences》中，研究人员详细描述了这种新方法。这种最成功的方法基于将Trizol试剂、Turbo DNA试剂盒与研究人员检测的附加步骤相结合而成。

本文共同作者Andre Chanderbali解释说：“我们需要的方法，是能让我们始终如一地从很多植物种类中提取到质量较好的RNA。存在于植物组织中的化合物（如黄酮类、鞣质、蜡和其他次生代谢产物）使我们很难提取RNA。”

在一个大型国际转录组测序项目中，研究人员选取了各种木质的、芳香的和水生的植物。他们进行了382次独立的RNA提取实验，在各种各样的植物中检测不同的技术。

这种新程序的一个关键成分是常用于洗发剂的相同发泡剂——月桂酰肌氨酸钠（sodium lauroyl sarcosinate），绰号Sarkosyl。自上世纪70年代以来科学家一直都在使用它，因为它能分解细胞脂肪膜，释放细胞的内容物。

“结合Trizol和TURBO试剂盒，Sarkosyl有助于从大多数植物种类中提取高品质和高数量的RNA。加入CTAB步骤，可提高RNA提取的成功率，即使是最顽固的物种。然而，尽管这种程序获得了成功，我们的方法还不能成功地处理一些含有大量粘液的植物。”

在实验室中，RNA提取过程的难度是众所周知的。RNA是极其脆弱，对RNAses酶的降解很敏感，这种酶存在于自然界各处，包括空气中。工作区必须消毒，因为RNAses可以迅速将完整的RNA链转换成不适合测序的“核酸汤”。

Jordon-Thaden说：“一旦我们收集了植物组织用于RNA提取，如叶，我们就将其快速冷冻在液氮中，以防止降解。然后我们把它磨碎，并将其混入试剂混合物中，随后洗去植物纤维和其他细胞成分。这个过程越长，RNA降解的可能性就越大。”

Jordon-Thaden说：“ RNA质量差，就意味着转录组测序的结果很糟糕。”

自从发现核酸以来，核酸提取已经取得了一定进展，但随着测序项目的拓张，仍有很长的路要走。商品化试剂盒可提供现成的材料，一步一步的指示，使这个过程变得轻松，但随着越来越多的实验室研究复杂的非模式植物，我们迫切需要更好的提取方法。

排查382种提取方法和修改商品化试剂盒的迭代过程，将用作一种有价值的资源。随着越来越多的植物学家探索地球上植物生物多样性的遗传属性，这些程序将为他们提供一种提取方法，几乎可以提取任何一种植物的RNA。（来源： 生物通 王英）

Modified CTAB and TRIzol protocols improve RNA extraction from chemically complex Embryophyta

Abstract

· Premise of the study: Here we present a series of protocols for RNA extraction across a diverse array of plants; we focus on woody, aromatic, aquatic, and other chemically complex taxa.

· Methods and Results: Ninety-one taxa were subjected to RNA extraction with three methods presented here: (1) TRIzol/TURBO DNA-free kits using the manufacturer\&\#39\;s protocol with the addition of sarkosyl; (2) a combination method using cetyltrimethylammonium bromide (CTAB) and TRIzol/sarkosyl/TURBO DNA-free; and (3) a combination of CTAB and QIAGEN RNeasy Plant Mini Kit. Bench-ready protocols are given.

· Conclusions: After an iterative process of working with chemically complex taxa, we conclude that the use of TRIzol supplemented with sarkosyl and the TURBO DNA-free kit is an effective, efficient, and robust method for obtaining RNA from 100 mg of leaf tissue of land plant species (Embryophyta) examined. Our protocols can be used to provide RNA of suitable stability, quantity, and quality for transcriptome sequencing.

原文链接：http://www.bioone.org/doi/10.3732/apps.1400105