甘薯(Ipomoea batatas L.) SNP标记快速高效检测方法

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)广泛存在于甘薯基因组中，可用于甘薯遗传图谱的构建、关联分析和分子标记辅助选择等重要研究。本研究采用两种特异性扩增的方法：等位基因特异性PCR (AS-PCR)和四引物扩增薯受阻突变体系PCR (Tetra-primer ARMS-PCR)，以及酶切扩增多态性序列(CAPS)酶切的方法，对甘薯徐781和徐薯18之间的2个SNP位点T2-32906 (C/G)和T3-30695 (G/A)进行检测，并通过比较3种检测方法的检测效果，找出快速高效的甘薯SNP分子标记检测方法。琼脂糖凝胶电泳结果显示：AS-PCR的检测结果在2个样本之间出现假阳性而没有明显的差异条带，Tetra-primer ARMS-PCR和CAPS两种方法的检测结果在2个样本间呈现出明显的差异条带，并且能够根据条带数目区分等位基因是否纯合。三种方法的检测结果表明：相对于其他两种检测方法，Tetra-primer ARMS-PCR呈现出更理想的检测效果。另外通过成本比较，Tetra-primer ARMS-PCR成本明显低于CAPS。因此，Tetra-primer ARMS-PCR是一种可用于甘SNP位点快速、高效且费用低廉的分子检测方法。