冬瓜SSR-PCR体系优化及引物筛选

本研究利用L16(54)正交试验设计研究了影响冬瓜SSR-PCR的五个因子(10× Buffer (含Mg2+), dNTP, DNA, 引物, rTaq)，研究结果表明Buffer (含Mg2+)和rTaq对PCR影响最明显，最终筛选出最佳反应体系：10× Buffer 2.0 μL (1× Buffer)，dNTP 2.0 μL (200 μmol/μL)，DNA 0.6 μL (6 ng/μL)，引物0.4 μL (0.2 μmol/L)。体系体积为20 μL，循环数为35。引物筛选程序为：94℃预变性3 min，94℃变性45 s，58℃~68℃复性30 s，5个循环，每个循环退火温度降2℃，72℃延伸1 min，94℃变性30 s，50℃~58℃复性1 min，8个循环，每个循环退火温度降低1℃，72℃延伸1 min，94℃变性30 s，50℃复性30 s，72℃延伸1 min，共30个循环，72℃延伸7 min。本研究建立了适合冬瓜的SSR反应体系和引物多态性筛选程序。