中科院揭示基因组内16S rRNA差异导致的原核生物多样性

近期，中科院武汉病毒研究所周宁一研究员课题组，在基因组内16S rRNA基因的差异性而导致的原核生物多样性高估研究方面取得重要进展。相关结果发表在7月的微生物学刊物Applied and Environmental Microbiology上，并被本期杂志选为亮点文章。

自从Carl Woese应用16S rRNA基因来确定原核生物的亲缘关系，这个方法已成为原核生物系统发育和分子生态学研究中公认的经典标准。然而，该基因在原核生物内往往同时存在多个拷贝，而且拷贝之间的基因序列并不完全一致。因此，在原核生物生态学研究中，基于16S rRNA基因的菌群多样性分析会引起一定程度的高估。

该组从目前2013个测序的原核生物基因组中，对16S rRNA基因的拷贝数及基因组内部异质性做了详细的分析研究，发现细菌基因组中包含1-15个拷贝，古菌基因组中包含1-4个拷贝。在952个基因组(隶属于585个种)内发现16S rRNA基因存在异质性。并发现16S rRNA基因不同区域存在不同程度的异质性，因而利用不同区域的序列进行基于焦磷酸测序的分子生态学研究会造成不同程度的多样性高估。

本研究指出，对于经常用来进行焦磷酸测序的区域中，V4-V5区域显示了最低的高估程度(约为3.0%)，而V6区域的高估程度最高(约为13%)。因此在原核生物分子生态学研究中，16S rRNA基因的V4-V5区域更适合作为焦磷酸测序的目的片段。这是迄今为止最全面的关于16S rRNA基因的基因组内差异的研究，本研究不但提供了在针对不同的16S rRNA基因区段时不同丰度的高估程度，而且提出了可利用V4-V5区来降低这一高估。

原文链接：

Intragenomic HeteroGENEity of 16S rRNA Genes Causes Overestimation of Prokaryotic Diversity.Dong-Lei Sun, Xuan Jiang, Qinglong L. Wu and Ning-Yi Zhou.Applied and Environmental Microbiology,19 July 2013;DOI:10.1128/AEM.01282-13