重测序数据，你还可以这样玩！—高粱重测序数据并蒂花开，不同角度分析焕发多彩光芒

导读：继首篇关于高粱群体遗传学研究的文章发表之后，于2014年9月26日，由澳大利亚昆士兰大学、深圳华大基因研究院等单位合作的44个高粱重测序项目再获突破，第二篇文章”The plasticity of NBSresistance genes in sorghum is driven by multiple evolutionary processes”发表在BMC Plant Biology杂志。

世界上最具有农业和经济价值的物种是谷类作物，主要包括小麦，大麦，玉米，水稻和高粱，全世界有超过2/3的人口以这些谷物为主粮。2013年8月28日，来自澳大利亚昆士兰大学、深圳华大基因研究院等单位的科研人员针对44株高粱测序研究的结果发表于《Nature Communications》杂志上；时隔一年，利用同样的样本数据进行更深层次的挖掘，新的研究成果于2014年9月26日又发表在了《BMC Plant Biology》杂志上。现在我们解析一下同一个根为什么能开出两朵不同的花，并且还有可能开出更多绚丽多彩的花。

研究对象：

44株不同来源高粱，包括地方品种（Landraces），改良品种（Improvedinbreds）和野生&杂草材料（Wild和weedy），他们的进化关系如下图所示：

研究思路：

背景小贴士：

NBSgene (nucleotide-binding site-encoding genes), 在所有的抗病基因中，核苷酸结合位点加上亮氨酸重复基因(NBS-LRR)，是植物中最大，最广泛，最古老的基因家族。这些基因与各种病原菌的识别、应答有关，包括细菌，病毒，真菌，线虫，昆虫和卵菌。

文章一是基于全基因组变异数据的基础上进行分析，研究这44株高粱间的群体结构并检测进化相关位点，作物的驯化和改良是主要的关注点；文章二基于NBS基因序列的基础上进行分析，研究抗病基因的分子进化历程。该项目的后续分析仍在继续开展，该项目负责人太帅帅表示，“希望通过对高粱重测序数据的多角度深入分析，为重测序数据的分析与发表提供一个完整的范例；通过对生物学问题的深入探讨，为育种家提供有用的遗传信息，加速分子育种的进程。”

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参考文献：

1、 ES Mace, SS Tai, EK. Gilding, et al. Whole-genome sequencing revealsuntapped genetic potential in Africa’s indigenouscereal crop sorghum. Nature Communications 4, doi:10.1038/ncomms3320

2、 E Mace, SS Tai, D Innes, et al. The plasticity of NBS resistancegenes in sorghum is driven by multiple evolutionary processes. BMC PlantBiology, 2014, 14:253