蛋白质结构域基因序列分析揭示榕树蒸腾中LRR基...
发表日期：2014-10-17 02:14AM 阅览次数：
该项研究由版纳植物园生态进化研究组郎天戈副研究员与植物生理生态研究组以及北京林业大学的一个研究组共同完成，利用蛋白域的基因序列揭示了LRR基因结构域在榕树蒸腾过程中的调控功能。
该研究以版纳植物园的榕树基因组数据为基础，用生物信息学的方法建立了LRR蛋白域预测的软件流程，并找到了该蛋白域数量多少与榕树吸水能力的相关关系。预测蛋白结构域在用于理解分子水平上的蛋白质功能在是必不可少的。然而，到目前为止，对于一个没有参考基因组序列的物种来说，一直没有一个直截了当的方法。在这项研究中，作者开发了一套可以在没有参考基因组情况下直接从基因组序列数据预测蛋白质结构域功能的程序流程。整个相关流程包括全基因组序列数技术，二代测序（NGS）的装配技术，肽预测方法，以及蛋白质结构域预测方法。拟议的新功能避免了从头组装，由于微相关的问题读取和小单重复。此外，我们应用我们的功能，为富含亮氨酸重复序列（LRR）结构域的预测在4种榕树，没有参考基因组的基础上，农工商基因组数据。作者发现，在榕树中，植物蒸腾效率与LRRNT_2和LRR_8蛋白域是相关的，这个结果可以通过气孔指数显示出来。 该项研究建立的程序流程提供了蛋白质结构域的预测，这在大批量数据时代将有着广泛的应用。
相关研究成果以Protein Domain Analysis of Genomic Sequence Data Reveals Regulation of LRR Related Domains in Plant Transpiration in Ficus为题发表在PLoS ONE杂志上。
榕树气孔指数与LRR不同蛋白域的关系
