新型生物信息学工具实现转录组数据的可视化

日本的生命科学技术RIKEN中心开发了一中全新的可以免费下载的生物信息学工具——ZENBU。利用该工具，研究人员可以又快又好地对大规模基因组信息进行整合、可视化和比较分析。研究成果于3月10日刊载在Nature Biotechnology期刊上。

新一代测序彻底改革了功能基因组学，有许多技术，如RNA-seq、CHIP-seq和CAGE等在全世界广泛应用。这些技术使得在全基因组范围发现转录本和转录因子结合位点成为可能，而这对于理解健康和疾病个体中细胞功能相关的分子机理非常重要。来自大量试验数据的整合是解释结论的一个重要方面，然而，产生的越来越多的数据集却难以进行深入比较和分析。

ZENBU可通过网络免费下载（http://fantom.gsc.riken.jp/zenbu/），在个人的实验室可以安装，所有的ZENBU站点都是相连的，可持续分享数据。ZENBU将基因组浏览器与数据分析和相关表达视窗相联系，促进了新一代测序产生的大规模数据集的可视化和比较。ZENBU和以前工具的主要差别就在于其通过相联系的基因组定位和表达信号视窗可以将数以千计的实验数据集中在一个交互、可视化环境中，进而联系起来。这使得研究人员可以将自己的实验与系统中600多条ENCODE和FANTOM比较，进而为发现新的生物学机制提供可能。

研究人员希望通过分布数据和服务器，研究人员下载和分享数据，建立一个综合的资源，以促进进一步研究和合作。

岳东方 编译自http://www.sciencedaily.com/releases/2014/03/140309150538.htm