研究聚焦：基因组精华

研究人员从它们的序列、图谱和解码物种的基因组中学到了什么?

目前最大基因组

物种：火炬松

基因组大小：221.8亿碱基对

火炬松基因组计划的成员已测序有史以来最大的装配有221.8亿碱基对的松类基因组序列。他们的工作即描述了火炬松基因组，也设计了解码它的方法，今日发表在《Genome Biology and genetics》杂志上。挪威云杉(云杉属)是以前记录的拥有最大基因组序列和装配，近拥有196亿碱基对。

美国加州大学戴维斯分校的查尔斯·兰利和同事采用整体基因组鸟枪测序基于单一雌配子体样本，松子的单倍体组织，增强了来自亲本二倍体DNA的长片段配对函数。为了使得困难的组装工作变成可行的，团队分组配对末端序列读入长“超级读物”，然后再用支架进行绘图。

与许多植物一样，大部分火炬松基因组包含重复性因素，因此测序和组装工作更加困难。“这一特殊基因组目前面临一个真正的挑战，实际上我们的工作很难产生一些质量东西来应对这一挑战，”加州大学戴维斯分校的研究合著者大卫·尼尔在报告中说。最终，小组鉴定出关于疾病抵抗、胁迫应答以及木材形成的基因。

非典型鸟

物种：黑松鸡

基因组大小：大约有12亿碱基对

使用参考制导组件策略，来自瑞典的研究者本月(3月6号)在BMC Genomics 提出黑松鸡基因组草图。在比较了黑松鸡与家鸡和火鸡的基因组，研究人员发现证据支持x染色体——鸟的Z染色体——比常染色体进化更快的想法，并且在主要的组织相容性复合体(MHC)中的基因比那些在其他染色体组区域的基因更不稳定。

乌普萨拉队发现围绕1百万单核苷酸多态性(SNPs)和106基因组区域揭示在黑松鸡、家鸡和火鸡之间有较高的核苷酸分歧。

“我们的研究证明适度的测序工作如何能与现存的基因组结合以产生一个基因组草图对于非典型物种，”研究者在报告中写道。

微小的单子叶植物

物种：大浮萍

基因组大小：1.58亿碱基对

大浮萍的基因组和转录组上个月(2月19日)公布在《 Nature Communications 》期刊上，由新泽西州罗格斯大学的研究人员领导的一个国际团队，仅含有1.58亿碱基对，是目前为止最小的单子叶植物基因组序列和组装。

“浮萍代表了泽泻目基本的单子叶植物物种，并且将使一个无价的基因组资源用以研究单子叶植物谱系的历史，”作者在论文中称。研究者们也注释了解浮萍的基因组对废水处理的意义与生物燃料和重组蛋白的产生对制药应用的意义一样。

“这一基因组测序新开拓了水生植物分子生物学，”因为浮萍是一种基础的单子叶植物物种，它“将为所有有花植物充当一个新参考资料。”

辣椒驯化

物种：栽培辣椒 野生辣椒

基因组大小：33.5亿碱基对 34.8亿碱基对

今年一月，国际团队公布一种称为Criollo de Morelos 334的辣椒品种(Capsicum annuum) 的基因组。本月(3月)另一国际小组字啊《PNAS》发表另一种栽培辣椒 Zunla-1的基因组分析，及其野生型类似品种Chiltepin。比较了野生的和栽培的辣椒基因组，研究人员确定人工选择的标记，指出了候选驯化基因。

“辣椒属参考基因组不仅为辣椒基因组进化研究而且还未茄科家族的研究提供了重要信息，它将推进更有效的辣椒育种计划的建立，”研究者在文章中写道。

标签: 辣椒 浮萍 火炬松 松鸡

作者：Snail 点击：次