遗传育种统计分析软件R、 ASReml与DMU


R语言是主要用于统计分析、绘图的语言和操作环境。 R本来是由来自新西兰奥克兰大学的Ross Ihaka和Robert Gentleman 开发。 （也因此称为R）现在由“R开发核心团队”负责开发。 R是基于S语言的一个GNU项目，所以也可以当作S语言的一种实现，通常用S语言编写的代码都可以不作修改的在R环境下运行。 R的语法是来自Scheme。

R 的原始码可自由下载使用，亦有已编译的执行档版本可以下载，可在多种平台下运行，包括UNIX (也包括FreeBSD和Linux)、Windows和MacOS。 R主要是以命令行操作，同时有人开发了几种图形用户界面。R内建多种统计学及数字分析功能。 R的功能也可以透过安装套件（Packages，用户撰写的功能）增强。因为S的血缘，R比其他统计学或数学专用的编程语言有更强的物件导向(面向对象程序设计)功能。R的另一强项是绘图功能，制图具有印刷的素质，也可加入数学符号。虽然R主要用于统计分析或者开发统计相关的软体，但也有人用作矩阵计算。其分析速度可比美GNU Octave甚至商业软件MATLAB。

R的功能能够透过由用户撰写的套件增强。增加的功能有特殊的统计技术、绘图功能，以及编程介面和数据输出/输入功能。这些软件包是由R语言、 LaTeX、Java及最常用C语言和Fortran撰写。下载的执行档版本会连同一批核心功能的软件包，而根据 CRAN纪录有过千种不同的软件包。其中有几款较为常用，例如用于经济计量、财经分析、人文科学研究以及人工智能。

英文官网：http://www.r-project.org/


RStudio，优秀的IDE开发工具：http://www.rstudio.com/ide/

ASReml是拟合线性混合模型的优秀数据分析软件，适合分析大数据和复杂统计模型。ASReml软件在生物科学领域，被科学家和研究人员广泛应用。最初，ASReml软件应用在作物和畜牧遗传育种学科，例如用来评价不同作物品种的生长和抗病性能，估计猪、牛和鱼虾等物种生长和存活性状的遗传力。当科研人员需要处理非常大的数据集时，ASReml是一个非常重要的工具，因为它能够拟合复杂的统计模型。与其他的软件系统相比，ASReml可以很容易地和有效地处理大型数据集。 ASReml的独特优势在于它利用平均信息（AI）算法拟合混合线性模型。在分析遗传学数据时，ASReml进行了优化，因此它比其它通用数据分析软件执行速度更快。ASReml内建了一系列方差模型，十分适合分析动物和植物遗传学数据。

在R软件中加载ASReml-R包后，也可以在R环境中使用ASReml进行遗传参数估计和育种值预测。这对于以R作为分析数据的主要工具的科研人员来说，显得十分方便和便利。

ASReml由VSN公司开发，详情请点击链接：http://www.vsni.co.uk/

DMU是一个数量遗传学工具包，主要功能包括估计方差组分和固定效应，预测育种值。DMU的开发历史可以追溯到25年前，大部分功能基于数量遗传学研究的需求而开发。在丹麦动物育种研究中，DMU是一个主要的统计研究工具（估计和预测）。此外，DMU也应用于丹麦牛，羊，貂和马等常规遗传评估研究。因此，DMU不但在一些特定的项目中具备高性能优势，也适用于常规数量遗传学研究。“DMU”名称最初来自于程序包中用来进行初始化的过程名字缩写。这些过程利用约束最大似然法（REML），通过Derivative-free方式执行MUltivariate analysis，因此得名DMU。但是，在当前的DMU版本中，并不包括DF-REML模块，现在D仅代表DJF（丹麦农业科学学院的缩写）。

DMU官方FTP网站：http://www.dmu.agrsci.dk/

DMU英文说明书：http://www.dmu.agrsci.dk/dmuv6_guide-R4-6-7.pdf

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