超级计算机XE6：240人的基因组测序只需两天



随着技术的不断革新，基因组测序速度也在快速提升。最近，研究者在美国阿贡国家实验室（Argonne National Laboratory）利用一台型号为Cray XE6的超级电脑——Beagle进行基因测序分析，仅仅需要两天时间就可为240人进行基因组测序分析。

在今年的1月14日，Illumina公司将推出HiSeq X Ten和NextSeq 500两台测序仪，有望将全人基因组测序费用降低在1000美元以下。但是人类基因组测序时间长这一瓶颈目前仍未突破，通常分析人类基因组30亿个碱基对将需要数月之久。

芝加哥大学的研究人员利用Cray公司生产的超级计算机XE6分析基因测序，其速度大为提高，而且测序的精确度也非常可信。这为未来人类全基因组测序费用的减低起到重要推动作用。

芝加哥大学心血管遗传诊所的教授Elizabeth McNally称：“基因组的测序费用不仅与测序的精准度有关，还同其速度有很大关系，超级计算机Beagle当前的测序速度可有望使测序费用进一步降低。”

除了测序费用的减低外，测序速度的加快，也为基因诊断和遗传信息筛选提供了一个有力工具，让快速提供病人的检测报告成为可能。

Cray公司的XE6超级计算机，采用了AMD最近推出的Opteron 6100系列处理器，可选8核心或12核心型号，每个机柜最多192颗处理器、1536个或2304个核心。整套系统大量机柜组装在一起，最多可提供上百万个处理核心。目前，除美国阿贡国家实验室利用它进行基因测序数据处理外，与Cray公司签约的还有韩国气象局、美国能源部国家能源研究科学计算中心(NERSC)、美国国家核安全局、美国国家海洋和大气管理局(MOAA)、英国工程和自然科学研究委员会(EPSRC)以及美国军方。

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