藜麦 DAPB 基因丰度及生物信息学分析

二氢砒啶二羧酸还原酶(DAPB)是赖氨酸合成途径中的一个重要酶，在蛋白质和细胞壁的合成中起着重要作用。本研究基于 KEGG 总数据库分析表明，藜麦中 DAPB 的基因拷贝数远高于水稻、玉米及大豆等作物。对藜麦基因组数据筛选得到 4 个 DAPB 基因成员，均属于碱性蛋白质，氨基酸序列长度约 330 bp，分子量为 36.623~36.880 kD，等电点(pI)为 5.79~6.01，最大疏水系数为 0.028~0.123，为疏水性蛋白，亚细胞定位于细胞质中，不存在跨膜区。4 个 DAPB 基因之间的 Ka/Ks 值均小于 0.5，表明该基因在进化过程中比较保守。系统进化分析发现，藜麦 DAPB 家族成员位于同一个亚家族，且与菠菜的亲缘关系较近。启动子顺式作用元件分析结果显示，DAPB 家族除含有 TATA-box 和 CAAT-box 以外，还含有多个参与激素响应、光照、低温及其它应激反应相关的顺式作用元件和转录因子结合位点，暗示藜麦 DAPB 家族成员可能参与以上多种响应。本研究分析了藜麦 DAPB 基因的拷贝数并对 DAPB 进行了生物信息学分析，可为进一步了解 DAPB基因家族的生物学功能提供参考。