首个多作物参考面板数据库发布

11月2日,华中农业大学信息学院生物信息团队在《核酸研究》发表研究成果,通过收集包括水稻,玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息,构建了植物中首个多物种的高质量遗传参考变异库,为植物遗传育种研究提供了宝贵资源。

基因型填充是根据参考面板(又译参考集)中的单体型和基因型对目标样本中缺失基因型的估计填充过程。基因型填充可以有效增加单核苷酸多态性(SNPs)的密度,因此被广泛用于相对便宜和低密度的SNP芯片的填充以进行大规模全基因组关联研究(GWAS)。然而,大多数植物缺乏高质量的参考面板,这极大地限制了基因型填充在植物中的应用。

为了克服这一限制,研究者开发了植物遗传参考变异库——Plant-ImputeDB,数据库通过整合了包括水稻、玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息和全基因组重测序数据(包括34244个样本的约6990万个SNP的遗传变异信息),构建了植物中首个多物种参考面板的综合数据库。

该数据库(链接为http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB/)提供在线的基因型填充,支持SNP和基因组block两种方式搜索、浏览并提供相应数据下载,同时接受不同类型的基因组变异数据的提交,提供对所有公开可用数据的免费和开放访问,以支持全球范围内的相关研究。

该研究成果得到了中央高校基本科研业务费、国家重点研发计划、华中农业大学科技创新基金等项目的资助。

相关论文信息:https://doi.org/10.1093/nar/gkaa953

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