基于大花四照花转录组的SSR分布特征分析及引物开发

大花四照花是极具开发价值的观赏性植物资源，合理开发和可持续利用其种质资源十分必要。本研究以第二代高通量测序的转录组测序数据为基础，通过 MISA 软件对大花四照花转录组的 SSR 位点进行筛选和分析。结果显示，共获得 30 401 个 SSR 位点，SSR 的分布频率为 22.90%，平均每 2.88 kb 出现一个SSR 位点；大花四照花 SSR 位点的重复类型以单核苷酸重复和二核苷酸重复为主，各占所有位点的 45.73%和 37.98%；重复基序类型较为丰富，共有 196 种，其中单核苷酸 A/T 重复类型的数量最多。SSR 的重复次数主要以 5~30 次为主，长度分布在 10~87 bp 之间，平均长度为 17.39 bp。随机选取 48 对设计的 SSR 引物进行PCR 检测，共有 35 对引物能扩增出单一、清晰的条带，有效扩增率为 72.92%。大花四照花转录组中 SSR 位点的数量和种类比较丰富，分布密度较大，初步开发的 SSR 引物扩增率较好，具有潜在的多态性，可为后期的种质资源开发与保护、遗传连锁图谱的构建及分子标记辅助育种等提供基础。