山核桃MITE序列识别和MITE-PCR反应体系的建立

微型反向重复转座元件(miniature inverted repeat transposable elements, MITEs)在植物中广泛分布，可产生适应性的遗传变异，尤其可在非重组无性繁殖物种中产生变异，可用于遗传多样性分析。为促进山核桃的遗传学研究，本研究运用 MITE Digger软件对山核桃基因组测序数据进行扫描，共识别得到 739条山核桃 MITE序列。基于 MITE序列，使用 Primer-BLAST在线设计引物 680对，占 MITE序列的 92.02%。基于小麦的 MITE-PCR体系，通过降低退火温度 5℃优化了山核桃的反应体系。随机挑选 300对引物进行筛选，其中 108对引物具有稳定的扩增产物。108对引物中 100对引物在不同单株山核桃个体中扩增呈现单条带，占92.6%，8对引物扩增呈现双条带，占 7.4%。PCR产物测序结果发现，呈现单条带的 PCR扩增产物均包含MITE序列，但呈现双条带的 PCR扩增产物中大多不含有 MITE序列。研究结果为山核桃遗传多样性研究提供了科学依据。