芒果EST-SSR位点分析及引物开发

本研究通过芒果转录组数据开发 EST-SSR 标记，以期为芒果的分子辅助育种和不同品种的资源鉴定提供有效的检测手段。利用 MISA 软件分析芒果叶片和果实两个组织转录组结果中得到的 SSR 信息，经PCR 验证扩增产物，分析不同品种间的亲缘关系。对芒果组装的 99 328 个 Unigene 中，其中含有 SSR 的序列Unigene 数目为 4 877 个，发生频率，即含 SSR 的 Unigene 数目/总 Unigene 数目(4 877/99 328)是 4.91%。芒果转录组中查到 SSR 位点 6 405 个。从中随机筛选 31 对引物，经 PCR 扩增后进行 6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，并选出 8 对引物扩增具有多态性。利用 DPS 数据处理软件对得到的条带数据化并进行非加权组平均法 UPGMA 聚类分析，构建系统发生树得到 8 个芒果品种间的遗传距离和亲缘关系。芒果转录组测序EST-SSR 分析能够为开发 EST-SSR 标记提供理论依据，此标记可为芒果遗传多样性分析、遗传亲缘关系及图谱构建提供研究基础。