甘草全基因组位点分析及分子标记开发

由于不同基原和产地的甘草有效成分差异较大，开发甘草特异分子标记对于种质资源鉴定意义重大。本研究以甘草全基因组序列为基础，检测到 193 207 个 SSR 位点，发生频率为 73.52%。单核苷酸重复类型最多(60.73%)，其次为二核苷酸(26.11%)和三核苷酸重复单元(10.95%)。分析重复序列位点发现，甘草 SSR中包含 284 种类型重复基元，具有碱基偏好性，主要以 A/T 为主要重复单元，优势基元依次为 A/T (58.28%)、AG/CT (10.48%)、AT/AT (10.48%)、AC/GT (5.12%)、AAT/ATT (3.57%)。优选 140 294 个重复位点设计出701 302 对 SSR 引物，随机选取 100 对引物进行有效性检测，63 对引物均扩增出目标条带，其中，12 对引物能在材料间扩增出特异性条带，可用于对不同产地甘草进行区分。本研究开发的大量 SSR 标记不仅可用于甘草种质资源的鉴定分析，也将用于进一步的甘草分子标记辅助中。