基于全基因组 SNP 高效鉴定水稻种质资源并构建指纹图谱

加强水稻种质资源的管理及保护，针对 SNP 鉴定费用昂贵的缺陷，本研究发展了一种快速筛选单核苷酸多态性(SNP)标记构建 DNA 指纹图谱的方法。本研究首先采用“分而治之”和“贪婪”的组合策略从全基因组 SNP 标记中筛选出可鉴定全部参试材料的 SNP 组合，再通过程序循环精简其中的 SNP 标记，用少量的 SNP 标记构建指纹图谱。利用该方法对 117 个水稻种质 SNP 标记进行筛选，最少用 12 个 SNP 标记可完全鉴定该套种质。为提高种质鉴定的容错能力，进一步采用由 39 个核心 SNP 标记组成的 SNP 并集组合构建指纹图谱。本研究为精简 SNP 构建指纹图谱提供了新的有效途径，构建的种质指纹图谱结果亦可为水稻种质资源鉴定提供一定参考。