薏苡苗期叶片全长转录组测序、注释及 SSR 预测

为了全面获得和发掘薏苡的基因数据、功能信息以及潜在的 SSR 标记，本研究采用 PacBioSequelTM 第三代测序平台对干旱胁迫下薏苡苗期叶片进行全长转录组测序与分析，获得总计 98 858 条非冗余的高质量 Unigenes，其平均长度为 2 318 bp，1 kb 以上 Unigenes 占 91.74%。利用 BLAST 等软件在 NR、SwissProt、eggNOG、GO 和 KEGG 等公共数据中注释了 90 339 个 Unigenes，占 91.50%。NR 注释表明，在90 093 个被注释的 Unigenes 中，与之匹配数量最多是来源于高粱的序列，其次是玉米和谷子，这与它们之间在进化上的亲缘关系相一致。GO 注释显示，34 765 个Unigenes 被注释到生物过程、细胞组分和分子功能等三大类别；eggNOG 注释的 89 158 条 Unigenes 分属于 25 个功能聚类；KEGG 代谢通路分析表明，30 579 个Unigenes 被注释到 133 条已知代谢通路，其中，1 884 条 Unigenes 涉及信号转导和环境适应途径，包括植物激素信号转导途径、MAPK 信号途径和植物 - 病原互作信号途径，上述代谢通路或途径均与植物响应干旱等逆境胁迫相关。此外，利用 MISA 程序在 38 878 个 Unigenes 中检测到 56 540 个 SSR 位点。研究结果将为薏苡耐旱等抗逆基因发掘与克隆、抗逆分子生理机制解析以及分子标记开发提供科学依据和理论参考。