【科学网】玉米多组学数据库打通“信息孤岛”

近日，华中农业大学教授严建兵课题组成功整合了来自于同一玉米群体的基因组、转录组、表型组、代谢组等多组学数据，构建了一个玉米属综合数据库ZEAMAP（http://www.zeamap.com/），并内嵌了基因组“浏览器”和“搜索引擎”，实现对相关组学数据的高度集成、快速检索和智能分析。

据介绍，玉米是我国最重要的农作物之一，但我国学者对玉米基础研究的材料和数据收集长期依赖国际数据库，国内玉米研究的材料和数据的共享平台亟待加强。同时，现有的玉米数据库大多关注一种或特定几种组学数据，不同数据库之间难以有效整合利用，形成了一个个“信息孤岛”。

为解决这一难题，严建兵课题组以被国内外同行广泛使用的玉米关联群体为基础进行数据收集，通过整合该群体的基因组、转录组、表型组、代谢组、表观基因组、遗传变异以及遗传定位结果等多组学数据，构建了一个玉米属综合数据库ZEAMAP。

该数据库同时收录了4个玉米基因组和1个大刍草基因组，并进行了详细的功能注释，内嵌了基因组“浏览器”以及丰富的数据检索、分析和展示工具，可以直观地对比较基因组、基因共线性区块、表达模式聚类、遗传变异基因型、连锁图谱、遗传定位结果、染色质交互、组蛋白修饰以及群体水平的DNA甲基化等多组学数据进行检索和分析，并提供相应的条目链接，实现在不同组学数据之间进行跳转访问。

严建兵课题组表示，将持续维护和更新该数据库，开放共享数据和材料，欢迎广大科研工作者使用并提改进意见。并期待这一云端集成检索有效促进对玉米现有组学数据资源的利用，有助于深入理解玉米遗传变异、表型和基因之间的关系，辅助玉米的遗传育种和改良，共同促进科学事业的发展。（鲁伟 桂松涛 陈锦 ）

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