红藻rbcL基因密码子偏爱性分析

红藻是我们日常生活中一类非常重要的海洋生物资源。为探究红藻 rbcL 基因密码子的偏爱性，确定该类基因的最优密码子，本研究通过使用 CodonW 1.4.4、CUSP 和 SPSS 20.0 软件对 20 条红藻 rbcL 基因进行了多元统计和密码子偏爱性分析，最终获得了红藻 rbcL 基因三个位置的 GC 碱基含量、ENC 值和 RSCU值。结果显示，红藻 rbcL 基因 AT 碱基含量高于 GC 碱基，ENC 值为 41.89，说明红藻 rbcL 基因密码子偏爱于 A/T 碱基结尾。ENC 绘图分析，PR2-plot 分析和中性绘图分析表明自然选择是影响 rbcL 基因密码子偏爱性的主要因素。通过与拟南芥等五个物种的密码子使用频率比较，发现红藻 rbcL 基因和它们均有较大的差异性。最后筛选得到了 UUU、UUA、AUU 等 18 个最优密码子，均偏向于以 A/U 碱基结尾。研究结果对红藻资源的开发利用和 rbcL 基因的表达研究具有重要意义。