芸薹属物种(B. napus, B. rapa, B. oleracea)防御素基因 PDF1.1 的生物信 息学分析

本研究利用生物信息学方法分析芸薹属物种 PDF1.1 家族的结构功能，探究芸薹属物种 PDF1.1 家族的分子进化，为芸薹属物种 PDF1.1 家族抗菌性提供理论基础。本研究以甘蓝型油菜，白菜，甘蓝为例，利用生物信息学方法，鉴定了这 3 个芸薹属物种共有 8 个 PDF1.1，并分析其 PDF1.1 的基本特征、同源性及系统发生关系。结果显示，8 个 PDF1.1 均有 1 个内含子和 2 个外显子；共有 79~80 个氨基酸残基；均具有Knot1 结构域，具有多个磷酸化位点，其中丝氨酸磷酸化位点 0~1 个，苏氨酸磷酸化位点 0~1 个，酪氨酸磷酸化位点 1个；它们的二级结构主要为随机卷曲；既是疏水性蛋白，也是稳定蛋白；在不同物种间芸薹属 PDF1.1 的同源性高于种内同源性。芸薹属的结构特点是防御素抗菌作用的重要条件之一；其三个物种的 PDF1.1进化符合禹氏三角理论，且三个物种 PDF1.1 位点符合三倍化学说。本研究为芸薹属物种 PDF1.1 抗菌性提供了科学依据