对50个水稻栽培和野生种系的基因组重测序并辨识出了重要农艺性状基因
Nature Biotechnology，2011年12月13日，摘自生物通
亚洲栽培稻（普通栽培稻）是世界上最古老的农作物物种之一，具有籼稻和粳稻两个主要亚种。在其从祖先普通野生稻驯化为栽培稻的过程中，一些与水稻产量、品质和抗逆性等相关的重要农艺性状（如穗粒、色泽、种子的休眠和出芽等）经常会发生显著性的变化。然而这些性状往往比较复杂，由多个基因与环境的相互作用所控制，很难通过常规的分子生物学手段进行深入了解。在本研究中，科研人员希望能从基因组水平上解析不同栽培和野生稻基因组序列的遗传变异情况，以利于培育高产、优质和抗逆的水稻新品种，提高育种技术和水平。
研究人员选取了具有代表性的40个栽培稻品系和10个不同地理来源的野生稻进行了全基因组重测序研究，共发现650万个单核苷酸多态性位点（SNPs）；808,000个小片段（1-5bp）的插入/缺失，其中大部分为稀有突变；94,700个长片段（>100bp）的结构变异和1.676个拷贝数变异（CNVs）。基于这些遗传变异数据，研究人员还发现了数千个与人工选择相关的候选基因，其中有些基因与水稻的农艺性状具有重要的相关性，而大部分基因的功能尚不清楚。但是据科研人员推测，这些未知功能的基因也可能与水稻的相关农艺性状具有重要关联。
文章的第一作者、华大基因该项目负责人刘心说：“本研究使我们更加全面地了解了水稻全基因组的遗传变异特征，同时，种群结构和系统进化分析结果也让我们从全基因水平上追溯了水稻的驯化历史，并证明籼稻和粳稻的起源的确是独立的，而且粳稻起源于中国普通野生稻。接下来，我们还将进行进一步的研究，希望能为水稻育种改良等研究提供指导作用。”
文章的第一作者、华大基因科学技术负责人徐讯表示：“对栽培稻和野生稻进行大规模的遗传变异研究是十分必要的，因为只有这样才能更加充分的了解它们的变异情况，从而为实现规模化挖掘优良基因，深入了解水稻的进化、起源和分布，和加快高产、优质、广适性新品种培育的进程奠定重要的科研基础。”
