基于RNA-seq的两种柳树转录组微卫星特征比较分析

随着高通量测序技术的飞速发展，转录组测序为 EST-SSR 标记的开发提供了重要的信息资源。为阐明柳树中 EST-SSRs 的变化情况，本研究以垂柳和簸箕柳转录组序列为来源，分析并比较了两种柳树中EST-SSR 的分布规律及特征。结果表明：垂柳与簸箕柳中 EST-SSR 发生频率分别为 3.6%和 4.8%，SSR 的重复数量和碱基类型呈负相关，而重复数量与 EST-SSR 总长度或 EST-SSRs 总数量呈正相关。二、三碱基重复在两种柳树中均为主要类型，三碱基重复占比最大(垂柳为 47.5%, 箕柳簸为 47.8%)，五碱基重复占比最小(垂柳为 2.4%, 簸箕柳为 1.9%)。两种柳树中，(AG/CT)、(AAG/CTT)、(AAAT/ATTT)和(AAAAG/CTTTT)分别为不同碱基重复中最丰富的基元类型，而(AAACCG/CGGTTT)和(AGAGGG/CCCTCT)分别为垂柳和簸箕柳六碱基重复中最主要类型。通过侧翼序列分析，EST-SSR 趋向产生于 A/T 富集区域。此外，共有 1 305 个垂柳EST-SSR 和 2 463 个簸箕柳 EST-SSR 被成功定位到毛果杨染色体上。本研究将为后期柳树 EST-SSR 标记的开发及分子遗传学的研究提供科学依据。