大豆幼根差异表达基因 GmSTPP-r 的克隆及生物信息学分析

为分离克隆幼苗期大豆根系重要功能的基因，丰富其理论，从大豆吉农 18 根系突变体的苗期根系中克隆 GmSTPP-r 基因的 cDNA 序列，对其编码的氨基酸序列、系统进化树、蛋白质理化性质、基因编码蛋白的亲疏水性、蛋白的二级结构、跨膜结构及信号肽、等进行了生物信息学分析，并与已报道的大豆丝氨酸/苏氨酸蛋白磷酸酶(XM_014764732)进行对比。结果如下：利用 RT-PCR 技术克隆得到长度为 935 bp 的目的基因片段 GmSTPP-r。通过生物信息学分析得知该基因与水萝卜、藜麦间的亲缘关系较近。该基因编码 305 个氨基酸，是疏水性的碱性蛋白。二级结构预测显示具有 琢- 螺旋(37.70%)、无规卷曲(29.84%)、延伸链区(25.25%)和茁- 转角(7.21%)，无其他二级结构。该基因编码的蛋白不具有信号肽，且无跨膜结构。亚细胞定位预测该基因定位于线粒体内。本研究克隆了基因 GmSTPP-r，为该基因进一步研究提供材料，同时利用生物信息学分析 预测，为进一步分析鉴定该基因的功能提供理论依据。