作物遗传与种质创新国家重点实验室在多倍体棉花领域取得新进展

种间杂交和全基因组复制是基因组和生物多样性的驱动力。但是，种间杂交和全基因组复制对基因组非编码部分的影响仍然很大程度上是未知的。在本研究中，研究人员研究了长非编RNA(IncRNAs)的特征，并将异源四倍体棉花(Gossypium hirsutum)的编码基因和它的二倍体祖先(G. arboreum; G. raimondii)，以及一个F1杂交(G. arboreum × G. raimondii,AD)，进行了比较。

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研究人员发现，大多数的INcRNAs(80%)在异源四倍体基因组中是等位表达的。此外，杂交的基因组冲击会使F1杂交中的非编码转录体重新编程。有趣的是，活化的INcRNA主要是从去甲基化的TE区转录的，特别是从长而分散的核元件(谱线)中转录。物种间杂交的DNA甲基化动态主要与INcRNAs的剧烈表达变异有关。在多倍化过程中，也观察到了相似的INcRNA破裂趋势。另外，从异源四倍体棉花A亚基因组中的一株多倍化激活的一种具有代表性的新的INcRNA XLOC_409583参与了棉花幼苗高度的控制。

研究人员还观察到，在从二倍体到异源四倍体的进化过程中，TES和INcRNAs之间有很强的相关性。在本文的棉花进化模拟模型中，INcRNA倾向于保留TES，说明TES对INcRNA起源和遗传力的潜在影响。研究人员发现TES的分布偏向于INcRNA位点，而不是编码基因，在所有棉种中，品系对lncRNA的贡献尤为显著。

原文链接：

https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-018-1574-2