马铃薯全基因组重测序和转录组的关联分析

本研究对怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯的全基因组重测序和转录组进行关联分析。结果表明：在进行差异 Indel 分析后，共有 830 个候选转录本(726 个基因)与转录组数据进行了关联分析，其中共有 346 个基因在土豆中具有表达，共有 54 个(15.6%)转录本是显著差异的，共有 219 个(63.2%)转录本倍性变化逸2 倍(HAP 相对于 LAP 83 个上调, 136 个下调)；在 CV 分析后，共有 428 个候选转录本(315 个基因)与转录组数据进行了关联分析，其中共有 221 个基因在土豆中具有表达，共有 35 个(15.8%)转录本是显著差异的，共有 107 个(48.4%)转录本倍性变化逸2 倍(HAP 相对于 LAP 39 个上调, 68 个下调)；在进行 CNV 分析后，与转录组差异基因数据进行了关联分析，其中分类为 Amplification 的 CNV 中，属于显著差异的，并且倍性变化逸2倍的 CNV，HAP 相对于 LAP 有 22 个上调，48 个下调；分类为 Deletion 的 CNV 中，属于显著差异的，并且倍性变化逸2 倍的 CNV，HAP 相对于 LAP 有 571 个上调，1 331 个下调；分类为 Neutral 的 CNV 中，属于显著差异的，并且倍性变化逸2 倍的 CNV，HAP 相对于 LAP 有 8 个上调，20 个下调。本试验结果可为怀玉山高山马铃薯和怀玉山本土农家薯的品种鉴定和品种选育提供理论依据。