基于灯盏花全基因组 SSR 位点分析及多态性引物开发

本研究利用 MISA 工具筛选灯盏花基因组测序获得的 462 622 条 scaffolds，对其 SSR 位点信息进行分析，Primer 3 设计 SSR 引物，随机选取 200 对引物对 60 株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明：从灯盏花基因组中搜索到的 231 852 个 SSR 位点中，二核苷酸基序是主要的重复类型，占总 SSR 的47.14%；AT/AT 是最多的二核苷酸重复基元，占二核苷酸重复基元的 74.60%，AAT/ATT 是出现最多的三核苷酸重复基元，占三核苷酸重复基元的 15%。PCR 扩增发现，200 对引物中有 30 对(15%)表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中 SSR 位点出现频率高，类型丰富；大量的 SSR 为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记，利于开展灯盏花的遗传育种研究。