基于转录组测序数据的甘薯 SSR 标记开发及群体聚类分析

利用转录组数据开发 SSR 标记，是目前较为经济高效的 DNA 分子标记开发方法。为了开发更多适用于甘薯的 SSR 标记，本研究在前期对甘薯体细胞杂种 KT1 及其两个亲本 4 个干旱胁迫处理的 24 个样本转录组 de novo 测序的基础上，对获得的 105 959 条 Unigene 中大于等于 1 000 bp 的 FASTA 序列进行搜索，共找到 12 105 个 SSR 位点。从中筛选设计了 200 对 SSR 引物在 KT1 及其亲本中筛选验证，最终选择了 20 对多态性较好的引物，对来自不同地区的 94 份甘薯种质资源进行了群体聚类分析。聚类分析把 94 份实验材料分为 3 个亚群，较清晰地区分了不同材料之间的遗传相似性。这些基于甘薯转录组测序开发的 SSR 标记为甘薯的遗传多样性分析、辅助育种和遗传图谱构建等研究的开展提供了更加丰富的候选标记。