表观遗传大牛张元豪Nature子刊发表重要研究成果：T-ATAC-seq

4月23日，来自美国斯坦福大学的表观遗传学大牛张元豪在Nature Medicine期刊发表最新研究，将TCR编码基因的测序与在单细胞水平的测序（ATAC-seq）相结合，分析测定转座酶可获得的染色质以提供关于T细胞的TCR特异性和表观基因组状态的信息。

据悉，T-ATAC-seq能够鉴定来自同一个体的T细胞中的白血病和非白血病调控途径。作为一种新的工具，该技术可用于分析克隆T细胞中的表观遗传学景观，并且应该对T细胞恶性肿瘤、免疫和免疫治疗的研究具有很大价值。相关研究论文题为“Transcript-indexed ATAC-seq for precision immune profiling”。

T细胞在编码其T细胞受体（TCR）的基因中产生大量多样性，这使得单个克隆能够识别特定的肽 - 主要组织相容性复合体（MHC）配体。在文章中，研究人员将TCR编码基因的测序与在单细胞水平的测序（ATAC-seq）相结合，分析测定转座酶可获得的染色质以提供关于T细胞的TCR特异性和表观基因组状态的信息。

T-ATAC-seq鉴定克隆Jurkat T细胞的表观基因组标记

通过使用这种称为转录索引ATAC-seq（T-ATAC-seq）的方法，研究人员鉴定了永生化白血病T细胞，来自健康志愿者的原代人T细胞和来自患者样品的原代白血病T细胞中鉴定了表观基因组特征。在来自健康个体的外周血CD4 + T细胞中，研究人员鉴定了幼稚和记忆T细胞状态的顺式和反式调节因子，并在表面标志物定义的T细胞群体中发现了显着的异质性。

人类CD4 + T细胞亚群的表观基因组景观

在皮肤T细胞淋巴瘤的白血病型患者中，通过允许从恶性克隆产生的信号与背景T细胞噪声分离，T-ATAC-seq能够鉴定来自同一个体的T细胞中的白血病和非白血病调控途径。因此，T-ATAC-seq是一种新的工具，可用于分析克隆T细胞中的表观遗传学景观，并且应该对T细胞恶性肿瘤，免疫和免疫治疗的研究有价值。

本文来源于：测序中国

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