欧李ChCCD1基因的克隆与生物信息分析

本实验基于欧李转录组数据分析的基础上，利用RT-PCR方法从欧李品种‘农大4号’果实中克隆的到了ChCCD1基因，ChCCD1基因的CDS序列长度为1 644 bp，编码547个氨基酸的蛋白，分子量61.78 KD，等电点为6.05，不稳定指数为34.76。二级结构由α-螺旋，延伸链，β-折叠和随机卷须构成。蛋白三级结构建模分析发现，ChCCD1蛋白与玉米VP14具有相似的空间结构，具有7个由β-折叠组成的叶片，7个叶片中心含有4个组氨酸结合的Fe2+，构成了该酶的活性中心。通过同源氨基酸序列比对和进化树分析发现，ChCCD1编码的氨基酸序列与李和桃的CCD1基因相似性较高，达到99%。本研究为后续的基因的功能分析奠定了基础。