基于高通量测序的金钗石斛叶转录组数据分析

本研究采用Illumina Hiseq4000对金钗石斛(Dendrobium nobile)叶转录组进行测序，共获得5.6 Gb 数据。组装并去冗余后得到61 998个Unigene，其总长度，平均长度，N50以及GC含量分别为53 773 338 bp，867 bp，1 482 bp和 43.09 %。将Unigene比对到七大功能数据库进行注释，最终分别有 34 250(NR: 55.24%)，28 010(NT: 45.18%)，22 029(Swissprot: 35.53%)，13 384(COG: 21.59%)，25 754(KEGG: 41.54%)，7 731(GO: 12.47)以及 25 407(Interpro: 40.98%)个Unigene获得功能注释。在KEGG数据库中，注释上的与碳水化合物代谢、萜类和黄酮类化合物代谢、以及多糖合成相关的Unigene分别有2 819个、706个和559个。根据注释结果共检测出34 096 个CDS，未注释上的Unigene使用ESTScan预测后获得2 108个CDS 。检测出7 165 个SSR 分布于6 264 个Unigene中，其中在不同重复基序类型中，出现频率最高的为 AG/CT，其次是AAG/CTT、AT/AT 和 AGG/CCT。同时，预测出1234个编码转录因子的Unigene。该转录组测序分析为金钗石斛次生代谢和转录组方面研究提供了一定的理论参考。